Nasceu em São Romão do Neiva, Viana do Castelo, em 1941. Entrou para a Companhia de Jesus em 1958, em Soutelo, Vila Verde. Fez os estudos filosóficos em Braga e o curso de Teologia em Roma, na Universidade Gregoriana.

Ordenado sacerdote em 1972, foi enviado para Timor em 1974, por um período previsto de dois anos. Os acontecimentos de 1975 acabaram por ditar a sua permanência neste território até ao fim da ocupação indonésia. Com a proclamação da independência, e apesar das novas circunstâncias, o Padre José Alves Martins entendeu dever continuar a servir o povo e a Igreja de Timor.

Faleceu em 2022, enquanto tratava de um problema de saúde em Portugal.