João Caniço nasceu a 27 de outubro de 1942, em Oliveirinha, perto de Aveiro. Entrou na Companhia de Jesus em Soutelo, Braga, a 7 de setembro de 1958. Foi ordenado sacerdote em Lisboa, a 29 de junho de 1973.

É licenciado em Filosofia (Universidade Católica Portuguesa – Braga), em Teologia (Universidade Católica Portuguesa – Lisboa) e em Jornalismo (Roma).

Foi fundador e diretor do Coro da Rádio Renascença de Lisboa, e do Coro da Universidade Católica de Luanda, Angola. Foi missionário em Timor Leste (Dili), durante três anos e em Angola (Luanda) durante quatro.